生物顯微鏡是一種用來觀察生物切片、生物細胞、細菌以及活體組織培養(yǎng)、流質(zhì)沉淀等的光學(xué)顯微鏡，也可以觀察其他透明或者半透明物體以及粉末、細小顆粒等物體的精密光學(xué)儀器。生物顯微鏡用來供醫(yī)療衛(wèi)生單位、高等院校、研究院所用于微生物、細胞、細菌、組織培養(yǎng)、懸浮體、沉淀物等的觀察，可連續(xù)觀察細胞、細菌等在培養(yǎng)液中繁殖分裂的過程等。在細胞學(xué)、寄生蟲學(xué)、腫瘤學(xué)、免疫學(xué)、遺傳工程學(xué)、工業(yè)微生物學(xué)、植物學(xué)等領(lǐng)域中應(yīng)用廣泛。其光學(xué)技術(shù)參數(shù)包括：數(shù)值孔徑、分辨率、放大率、焦深、視場寬度、覆蓋差、工作距離等。這些參數(shù)并不都是越高越好，它們之間既相互聯(lián)系又相互制約的，實際應(yīng)用中應(yīng)當(dāng)在保證分辨率的基礎(chǔ)上根據(jù)鏡檢的目的和實際情況來協(xié)調(diào)參數(shù)間的關(guān)系。

1. 按照定位級別分類。可以分為學(xué)生級、實驗級、研究級生物顯微鏡。

2. 按照目鏡的個數(shù)分類。可以分為單目型、雙目型、三目型生物顯微鏡。

3. 按目鏡和移動臺的相對位置分類。可以分為正置生物顯微鏡和倒置生物顯微鏡。正置(常規(guī))生物顯微鏡的物鏡在移動臺的上方，倒置生物顯微鏡的物鏡在移動臺的下方。

4. 按成像原理分類。可以分為光學(xué)生物顯微鏡和電子生物顯微鏡。